單基因座探針VNrIR—DNA紋印等位基因頻率的計算方法。
鑒于單基因座DNA紋印等位基因數是一個連續的隨機變量，基因頻率分布也是一個變量，為了將連續變量基因頻率處理成不連續基因頻率分布，目前應用較為廣泛的是“裝箱” ( binning)合并的方法。即將一系列等位基因片段按從大到小的順序分成若干組，以不連續的分組方式將連續值處理成不連續的數據群。其原則是將相鄰的多態片段合并為一組，當作一個等位基因看待，計算合并后的組的頻率。目前裝箱分組大致有固定箱( fixed - bin)和滑動箱(floating bins)兩種分析法。經裝箱處理的等位基因頻率又稱“箱頻率”(bin frequency)。
1．固定箱( fixed - bin)分析法。
固定箱分析是一種合并處理辦法，根據分子量標準物將連續片段分布人為地轉化成一系列不連續數據。DNA圖譜上，從大片段到小片段整個范圍人為地分成若干個“箱“。箱的界限值確定靠一套標準的片段長度標記(分子量標準molecular size marker)。Lifecodes公司提供的一套標記系統是由限制酶消化后的Lambad、PhiX和T7病毒基因組DNA片段組成，共有30個片段，長度分別為（單位bp）：12830，11369，10094，8453，7242，6369，5686，5220， 4822, 4324, 3980, 3675, 3330, 3034, 2863, .2693, 2523, 2352, 2089, 1925, 1789, 1638, 1508，1353，1197，1078，964，872，773，640。30個片段分出31個箱，每個箱的大小范圍也就精確地固定下來。GIBCO BRL - 4401AS標記的30個片段長度分別為(單位bp): 22621， 15005, 11920, 9417, 8272, 7422, 6443, 5862, 5416, 4717, 4334, 3813, 3398, 3102, 2877, 2651, 2434, 2214, 2016, 1862, 1673, 1569, 1432, 1288, 1177, 994, 911, 785, 654，527。
箱值范圍確定后，凡片段長度落在同一箱內的基因，均合并為一個等位基因。由于箱足夠大，能容下5.6%~16.2%的片段長度誤差，遠遠大于1. 5%的測量誤差，所以一個箱內可以不止有一個片段，同一箱內等位基因數則可合并計算該箱出現的頻率。如果檢測條件恒定，群體樣本的資料則不會出現因測量誤差而引起的頻率偏斜。用固定箱法確定的基因頻率實際上是箱的頻率。因此。無論何人種群體，等位基因數都統一為31個。固定箱分析法將連續等位基因分布簡化為一張頻率分布表格，它既照顧到測量誤差，又得到一套不連續分布的基因頻率，同時也能大致反映出基因座多態性某些特征。裝箱基因座的有效頻率箱多的比少的多態性要高。
裝箱合并所提供的是保守的箱頻率數據，但是在群體調查數據中，可能在某個箱中沒有片段或僅有一條片段，致使箱頻率值出現極端的低數量值，例如上述D14S13基因座的1、2、28、30和31箱未見有片段，29箱僅一條片段，這5個箱的頻率范圍大約在10-8。10-14之間。如此極低頻率在實際應用中應盡量避免使用。另外按照統計學X2檢驗要求數據運算最低為5條片段，因此可將低頻率的箱再合并。這樣處理之后，無論從統計學原則或實際應用原則均可以接受了。
更多詳情：http://www.qinzijianding.cn
|
