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| DNA鑒定之商品化的等位基因分型標準物 |
每種STR試劑盒都提供精確分型的等位基因分型標準物。要特別注意，Promega和AB公司的試劑盒之間有的相同STR遺傳標記，但構成等位基因分型標準物中酌等位基因存在差異。如PowerPlex®1.1的D5S818 ladder從7-!5，而Profiler Plus TM則為7-16。通過分型標準物，實驗室在對未知樣本分型時會更加自信。在D5 S818中定義等位基因16時，使用ABI的試劑盒比Promega更可靠，因為ABI的ladder中有等位基因16。表5-4列出了麗個試劑盒的情況和比對。 新近的試劑盒在等位基因ladder中包含大量的等位基因。如IdentifilerTM包含205個等位基因。而PowerPlex® 16的ladder中有209個等位基因。將如此大量的等位基因放在一起并大量生產是很令人欽佩的技術。 AB公司2001年推出的AmpFlSTR®IdentifilerTM試劑盒使用了兩項新技術。第一項，也是最顯著的一項，他們使用了5色熒光檢測系統(tǒng)，其中4色熒光(6FAMTM，EICTM，NEDTM ，PETTM)標記PCR產物，另一種顏色用于內標的檢測，以校正PCR產物片段的電泳遷移。而傳統(tǒng)的AmpFISTR或PowerPlex試劑則使用三色熒光標記 (5FAM 、JOE、NED或FL、JIE、TMR) PCR產物。因此，用五色系統(tǒng)中的第五種顏色LIZTM和4色系統(tǒng)中的第四色ROX或CXR標記是用于內標標記。五色熒光的使用有效地在復合體系中加入了小片段PCR產物，新的產物被放置在新的熒光信道上，這樣就不用去調整以前3色泳道上擴增產物長度。 第二項技術是在試劑盒中引入非核苷酸連接物修正遷移率( ABI,2001)。這一遷移修正物是由6-乙烯氧化物( hexaethyleneoxide，HEO)組成，每一個HEO單位相當于2.5個核苷酸( Grossman et al．，1994)。非核苷酸連接物合成在PCR引物的5，端，使產物在末端包含這些額外的分子。這樣就可以使不同基因座的兩個相距很近的產物片段的位置相對移動，從而防止片段重疊。 最初引入遷移修飾物的原因是，在擴增STR基因座時，可繼續(xù)使用原設計引物和優(yōu)化的不同顏色信道內的基因座。如，D7S820初CSFIPO，在COfiler試劑盒中標記兩種不同的熒光，因此不相互干擾。而在Identifiler試劑盒中它們標記同一種顏色（如6FAM），等位基因產物有13bp的重疊。為防止片段范圍重疊，要么調整引物結合位置，要么使用遷移修正物改變產物分子的長度，使其更長。在IdentifilerTM試劑盒中，通過在CSFIPO等位基因引物5′末端加入10個HEO非核苷酸連接物，使其長度增加了約25個bp。非核苷酸連接物還用在IdentifilerTM試劑盒中其他四個基因座上：D2S1338、D13S317、D16S539、TPOX。 Promega公司在PowerPlex的不同版本中改變了引物序列( Masibay et a1．，2000；Butier etal．，2001；Krenke et al．，2002)。例如，在PowerPlex®1.1和PowerPlex®16間，調整了CSFIPO引物位置，兩個試劑盒的產物相差30bp。引物的改變和后續(xù)產物的變化使得CSFIPO和D16 S539可在PowerPlex®16中使用一色熒光。我們注意到，如果保留原始的CSFIPO馴物，那么在D16S539的等位基因15( 304bp)和CSFIPO等位基因6(29l bp)間會有13個堿基的重疊，不改變產物長度就不能用同一種熒光檢測。更多詳情：http://www.qinzijianding.cn |
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