80年代以前，法醫學鑒定采用血型遺傳標記。常規血型系統有以下共同點：①均有明確的表型分布；②等位基因數不多；③表現型分型明確，表現型與基因型之間的關系以及遺傳特征明確；④基因頻率分布具有離散型隨機變量的特征。但DNA紋印與以往應用的血型遺傳標記有不同的特點：①在小衛星VNIR基因座，等位基因之間是DNA片段長度上的差異，等位基因長度依據重復單位數目；②DNA紋印的等位基因數多，相差一個重復單位就是一個等位基因，一個基因座上的等位基因數可達數十，甚至數百，等位基因數遠多于任何血型系統；③基因頻率分布呈連續隨機變量特征。目前DNA紋印檢測采用瓊脂糖凝膠電泳分離方法，分辨率有限。肉眼觀察DNA圖譜，片段間相距Imm才能明確判定為兩侖基因，在低分子量區段這Imm相當于50bp差異，在高分子量區段則相當于200bp。如果兩個等位基因片段長度差距小于此分辨率時，紋印圖上只能觀察到一條帶。因此在常規的瓊脂糖凝膠上不可能分辨出多達數十或數百的等位基因片段。形成連續基因頻率分布的另一原因是片段長度測量誤差。在DNA紋印圖上是以片段遷移距離確定片段長度，根據同一凝肢中的標準分子量標記片段的遷移率來計算待測片段長度，遷移距離測量不可避免地會出現誤差。所以單基因座DNA紋印的群體調查不能完全準確地確定等位基因以及基因頻率分布。所測得的等位基因數是一個連續隨機變量，基因頻率分布也是一個變量。
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