許多新穎的基因分型方法始終在溶液中進行，故稱之為均相反應，其中一些從反應開始即無需更多的干預，另外一些則需要添加試劑的步驟，但無需分離純化。均相反應通常很穩定，靈活性高，無需大量勞動，但其最大的缺陷是多重平行反應數量有限。固相反應是將反應起始物錨定在固相載體上，生化反應在載體表面進行，最終的目標產物與載體連接，過量的反應起始物、中間產物等經過簡單的洗滌即可除去，極大地簡化了反應中分離純化的過程。基因分型中使用的固相載體包括載玻片、硅基片、顏色編碼微球（微球所特有的顏色是識別探針的記號，微球在溶液中的反應較剛性片基更為充分）、微孔板的孔壁等。在一種策略中，寡核苷酸陣列作為反應器集合，靶DNA分子找到對應物后，大量分型反應在上面平行進行；在另一種策略中，寡核苷酸陣列用于對均相反應中進行的分型反應的產物進行分類（也平衍進行）。在兩種情況中，寡核苷酸在微陣列中的特定位置是已知的，通過判斷季一個特定的寡核苷酸與陽性信號相關即可推斷基因分型結果。在固相載體上連廳基因分型的主要優點是可以同時分析大量遺傳標志物(SNP)。除了節省時間、節約試劑外，平行進行大量反應降低了標本結果混淆的可能性，其主要缺點是陣列設計和多重反應的優化需要大量資金及時間的投入。
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