基因芯片分型技術是20世紀90年代發展起來的一項前沿生物技術，它是將大量靶基因片段有序地、高密度地（點與點間距～般小于5001um）排列在玻璃、硅等載體上，用熒光標記的PCR產物與之進行雜交，結果掃描后經計算機分析獲取數PCR-SSOP快速、高效、高通量分析生物信息的工具。事實上，上面提到SNP相PCR—SSOP技術，已經顯露了基因芯片的雛形。基因芯片技術用于已知sNP的分型，具有其他方法無法比擬的優點，因而受到了廣泛的重視。基因芯片在幾平方毫米的面積上可以固定幾百個分型探針，與PCR-SSOP方法所用的膜和酶標板比較起PCR有縮微化的優勢，同時它還具有其他優點。首先，它只需要一張芯片、一次PCR、一次雜交，就可以對一個或多個樣本進行SNP位點的基因分型，即具有高通量和平行化的特點。其次，它的雜交、洗脫過程非常簡單，即使并不擅長分子生物學技術也很容易學會，雜交結果用掃描儀直接掃描，非常直觀。再次，由于固定在芯片上的探針量和PCR所用的樣本量很小，并且芯片可以實現單片多人份，所以成本較低。最后，基因芯片薛許多操作均為機器化流水作業，自動化程度較高，這些優點均會促使基因芯片分型芟術的廣泛應用。但是，基因芯片畢竟是一種新的技術，它也有不足之處，如何是高芯片的穩定性和固定率是芯片研究者必須攻克的難題。
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