微測序法(mini sequencing)的實質是單核苷酸引物延伸(single nucleotide primer extension，SNuPE)或單堿基延伸(single base extension，SBE)，其過程首先是用PCR擴增出含有靶SNP位點的一段DNA，然后在該產物中加入一條微測序引物在測序儀上進行堿基延伸反應，其中測序引物3 7端堿基緊鄰多態性堿基，在DNA聚合酶的作用下，引物只進行一個堿基的延伸就終止反應，即只加上一個熒光標記的ddNTP就可經毛細管電泳檢測出熒光信號類型而獲得延伸堿基的信息。與其他方法相比，該法靈敏、重復率高，所使用的設備在大多數實驗室都是常規裝備，因而該法容易普及。但是微測序法也存在一定的問題，即當一個反應只檢測一個SNP時其造價較高，而當一個反應檢測多個SNP時又對復合PCR和延伸反應過程中所涉歿的所有引物要求嚴格，引物結構、濃度比例、退火溫度要求適當，而且其測序引物的序列往往很長，甚至可超過50mer。
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