變性梯度凝膠電泳(denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE)技術利用了由堿基序列所決定的DNA片段溶解度（或稱變性度）的差異，這種差異導致了電泳分離中泳動率的變異，從而達到分離野生型和突變型片段的目的。該技術可達到單堿基的分辨率。如果突變直接影響到雙鏈間的親和力（如堿基轉換），這種純合雙鏈與野生型雙鏈相比，將因溶解度的變化得到檢測。如果突變雙鏈的親和力變化不足夠突出(A—T類顛換)，則以野生型和突變型序列的混合退火或共同PCR而形成異質DNA雙鏈(heteroduplex)，利用錯配位點形成的構象變異所產生的去穩態效應達到分離的目的j異質條帶總是滯后于相虛的純合條帶。DGGE技術檢測片段大于500bp，長度上優于其他方法，幾乎可達100%的有效檢測率，無需放射標記，是一種快速易行、最適于常規篩查小片段的突變檢測方法。現階段，存在三種類型的變性梯度凝膠電泳用于DNA突變檢測。第一種為垂直DGGE（濃度梯度方向垂直于電泳方向），主要用于選擇最佳的變性劑濃度；第二種為平行DGGE，該種凝膠的變性劑濃度范圍較小，便于更好地分離目的片段：第三種為最佳恒定變性劑濃度凝膠，便于優化條件使突變差異顯著化。如果引物選擇審慎．可用DGGE分析技術在同一塊凝膠上分離多重PCR產物。
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