多重單堿基延伸SNP分型技術(multiplex SNaPshot)由美國應用生物公司開發，主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、4種熒光標記的ddNTP、緊挨多態位點5′端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中，引物延伸一個堿基即終止，經AB測序儀跑膠后，根據峰的顏色可知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型，根據峰移動的膠位置確定該延伸產物對應的SNP位點。對于PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。與其他SNP分型技術(RFLP、Taqman、SNPstream)相比，多重單堿基延伸SNP分型技術具有如下優勢。①分型準確，其準確度僅亞于直接測序。②多位點同時檢測，可以同時檢測達12個位點，而RFLP及Taqman -次僅能檢測一個。③不受SNP位點多態特性限制，不管該位點是G/C、A/T、G/A、C/T還是插入／缺失多態，都可以放在一個體系中檢測。④不受樣本量的限制。⑤可以檢測出受污染的樣本，如果一個樣本的分型嶧譜偏離正常的分布，它可以提示該樣本可能受到污染或濃度過低，而其他分型方法則不能做到這一點。
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